1989 wurde das Palais Lobkowicz zu einem Ort deutscher – und europäischer – Geschichte, als für Tausende von Bürgern der damaligen DDR nach wochenlangem Warten auf dem Botschaftsgelände die Ausreise in die Bundesrepublik Deutschland möglich wurde. Zeitweise hielten sich bis zu 4000 Flüchtlinge auf dem Botschaftsgelände auf. Nach langwierigen Verhandlungen konnte der damalige Bundesaussenminister Hans-Dietrich Genscher am 30. September 1989 den im Garten des Palais Lobkowicz ausharrenden Menschen verkünden, dass ihre Ausreise in die Bundesrepublik Deutschland möglich geworden war.